1959-09-01 ĮSTEIGTA Simno mokykla-internatas. Mokėsi našlaičiai bei sunkiai gyvenančių šeimų vaikai. Mokslo metus pradėjo tik 1–5 klasės, dirbo 18 pedagogų. Pirmasis direktorius S. Dielkus.
1961 m. pradėta statyti mokomąjį korpusą.
Nuo 1968 m. rugpjūčio 1 dienos Simno mokykla internatas reorganizuota į pagalbinę mokyklą-internatą. Mokiniai buvo vežami iš įvairių Lietuvos vietų. Atvyko dirbti ir pirmieji Šiaulių pedagoginio instituto absolventai, kurie buvo specialieji pedagogai. Tai S. Makutis, R. Šimkevičiūtė, E. Vaitonytė. Dauguma pedagogų buvo nuoširdūs savo darbo patriotai, bet neturintys specialiojo pedagogo kvalifikacijos. Pradėta vesti logopediniai užsiėmimai. Dirbo 26 pedagogai, buvo ugdomi 145 mokiniai.
Nuo 1970-09-01 buvo įvestos gydomosios gimnastikos pamokos mokiniams su atramos – judėjimo sutrikimais.
Nuo 1971 m. mokykloje vyko žemės ūkio pamokos. Mokykla turėjo savo žemės, 4 arklius, karvių, kiaulių, traktorių su visais padargais. Vėliau žemės ūkio pamokos padalintos į dvi kryptis: sodininkystės ir daržininkystės, kurias vedė žemės ūkio specialistai J. Stankevičius ir J. Aleksandravičienė. Mokytojo J. Stankevičiaus dėka mokykla užveisė sodą, kuris garsėjo visoje respublikoje. Be šių specialybių dar buvo mokoma tinkavimo, dažymo, siuvimo (mokytojai V. Lukoševičius, V. Lendza).
Nuo 1990-03-01 iki 1997-09-30 mokyklos steigėjas buvo LR Švietimo ir mokslo ministerija.
1993–1994 m. m. mokykloje – internate dirbo 38 pedagogai, 33 aptarnaujančio personalo darbuotojai, 3 medicinos darbuotojai.
1993 m. rugsėjo mėnesį įsteigta pirmoji lavinamoji klasė vidutinio ir žymaus intelekto sutrikimų turintiems mokiniams.
LR Vyriausybės 1997 m. liepos 25 dienos nutarimu mokykla perduota Alytaus apskrities viršininko administracijai.
Nuo 1997 m. įkurtas koreguojamosios gimnastikos kabinetas.
2002 m. spalio mėn. įkurtas relaksacijos kabinetas, kuriame mokiniai gali pailsėti, atsipalaiduoti.
2003 m. mokykla vykdė projektą „Aplinkos pritaikymas vaikams invalidams“. Bendrabutyje Nr. 1 įrengtas pandusas, atskiras įėjimas, renovuota dalis langų, lauko durų.
2005 m. kovo 14 d. Simno specialiosios internatinės mokyklos pavadinimas pakeistas į Simno specialiosios mokyklos.
Nuo 2005 m. rėmėjų dėka mokiniai gali naudotis kompiuterių klase, interneto ryšiu.
2006–2007 m. m. sukomplektuota 11 klasių komplektų ir 8 šeimynos (popamokinis ugdymas). Mokėsi 70 mokinių, iš jų 38 našlaičiai ir likę be tėvų globos mokiniai. Mokykloje pastoviai gyveno 33 našlaičiai ir tėvų globos netekę mokiniai.
2007–2008 m. m. buvo sukomplektuota 11 klasių komplektų ir 8 šeimynos (popamokinis ugdymas). Mokėsi 69 mokiniai, iš jų 40 našlaičių ir likusių be tėvų globos mokinių.
2008–2009 m. m. buvo sukomplektuota 10 klasių komplektų ir 8 šeimynos (popamokinis ugdymas). Mokėsi 69 mokiniai, iš jų 40 našlaičių ir likusių be tėvų globos mokinių.
2009–2010 m. m. sukomplektuota 9 klasių komplektai ir 7 šeimynos (popamokinis ugdymas). Mokėsi 61 mokinys. Pagrindinio ugdymo pasiekimų pažymėjimus gavo 13 mokinių.
Buvę direktoriai:
Albinas Čebatorius 1968–1971 m. m.
Juozas Stadalninkas 1971–1978 m. m.
Stasys Makutis 1978–1993 m. m.
Elena Dainauskienė 1993–2010 m. m.
Janė Žeimienė 2010–2022 m. m.
Alytaus rajono savivaldybės tarybos 2010 m. kovo 4 d. sprendimu Nr. K-55 „Dėl sutikimo perimti Simno specialiosios mokyklos savininko teises, pareigas ir turtą“ Simno specialioji mokykla perduota Alytaus rajono savivaldybei.
2010 m. liepos 29 d. Simno specialiosios mokyklos pavadinimas pakeistas į Alytaus rajono Simno specialiosios mokyklos pavadinimą.
Nuo 2010 m. liepos 1 d. mokyklai vadovauja direktorė Janė Žeimienė.
Mokinius ugdo patyrę aukštos kvalifikacijos specialieji pedagogai. Teikiama kvalifikuota specialioji, logopedinė, socialinė, individualios ir gydomosios kūno kultūros pagalba. Aktyviai veikia Mokyklos vaiko gerovės komisija. Vykdant neformalųjį švietimą tenkinami mokinių pažinimo, lavinimosi ir saviraiškos poreikiai.
2010–2011 m. m. sukomplektuoti 8 klasių komplektai ir 6 šeimynos (popamokinis ugdymas). Mokėsi 43 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 6 mokiniai.
2011–2012 m. m. sukomplektuoti 7 klasių komplektai ir 7 šeimynos (popamokinis ugdymas). Mokėsi 42 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 3 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 4 mokiniai.
2012–2013 m. m. sukomplektuoti 7 klasių komplektai ir 7 šeimynos. Mokėsi 44 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 5 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 2 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 7 mokiniai.
2013–2014 m. m. sukomplektuoti 6 klasių komplektai ir 5 šeimynos. Mokėsi 40 mokinių. Pradinio ugdymo pažymėjus gavo 4 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 2 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 4 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimą gavo 1 mokinys.
2014 m. lapkričio 10 d. Alytaus rajono Simno specialiosios mokyklos pavadinimas pakeistas į Alytaus r. Simno specialiosios mokyklos pavadinimą.
2014–2015 m. m. sukomplektuoti 5 klasių komplektai ir 5 šeimynos. Mokėsi 36 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 1 mokinys. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 4 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimą gavo 1 mokinys.
2015–2016 m. m. sukomplektuoti 5 klasių komplektai ir 4 šeimynos. Mokėsi 36 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 1 mokinys. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 4 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 6 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimą gavo 1 mokinys.
2016–2017 m. m. sukomplektuoti 5 klasių komplektai ir 4 šeimynos. Mokėsi 39 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 1 mokinys. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 6 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 4 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimą gavo 1 mokinys.
2017–2018 m. m. sukomplektuoti 5 klasių komplektai ir 4 šeimynos. Mokėsi 39 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 5 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 1 mokinys. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 6 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimą gavo 3 mokiniai.
2018–2019 m. m. sukomplektuoti 4 klasių komplektai ir 4 šeimynos. Mokėsi 32 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 4 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 5 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimą gavo 1 mokinys.
2019–2020 m. m. sukomplektuoti 4 klasių komplektai ir 4 šeimynos. Mokėsi 32 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 4 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 3 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai.
2020–2021 m. m. sukomplektuoti 4 klasių komplektai ir 4 šeimynos. Mokėsi 32 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 1 mokinys. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 1 mokinys. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 3 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai.
2021–2022 m. m. sukomplektuoti 4 klasių komplektai ir 4 šeimynos. Mokėsi 29 mokiniai. Pradinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 1 mokinys. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai. Vidurinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai.
Nuo 2022 m. spalio 1 d. mokyklai vadovauja sekretorė, vykdanti direktoriaus funkcijas Vida Čižauskienė.
2022–2023 m. m. sukomplektuoti 4 klasių komplektai ir 3 šeimynos. Mokėsi 22 mokiniai. Pagrindinio ugdymo I dalies pažymėjimus gavo 2 mokiniai. Pagrindinio ugdymo pažymėjimus gavo 2 mokiniai.